肛瘘的核心特征是肛周反复流脓，这也是其区别于其他肛肠疾病的关键。初期脓液较多，呈黄白色、黏稠状且有异味，会从肛周瘘口溢出，导致衣物污染；病情迁延後，脓液减少但肛周会持续潮湿，瘘管堵塞时还会出现局部肿胀、疼痛加剧，甚至再次形成脓肿。此外，脓液刺激肛周皮肤会引发明显瘙痒，严重时可发展为肛周湿疹，影响睡眠。多数患者肛周可摸到硬结或条索状硬块，按压有轻微痛感，急性发作时症状会明显加重。需注意，肛瘘一般无大量便血，若伴随便血多提示合并其他肛肠疾病。